El uso de la mayúscula en algunas denomimaciones

El uso de la mayúscula está muy bien definido en el caso de nombres geográficos,  de plantas y animales  y otras denominaciones.

1. La escritura con mayúscula inicial solo es obligatoria en las abreviaturas de los tratamientos como Sr. D. (señor don), U. o V. (usted), V. S. (usía), Ilmo. (ilustrísimo), Sto. (santo), etc. Por el contrario deben escribirse con minúscula inicial todos los tratamientos, tanto los que preceden siempre al nombre propio, llamados por ello, antenombres: don, doña, fray, sor, santo/ta; como los que pueden utilizarse sin él: usted, señor/ra, doctor/ra, licenciado/da, excelencia, (su) señoría, reverendo/da, vuestra merced.

Para aquellas fórmulas honoríficas correspondientes a las más altas dignidades en el tratamiento protocolario (su santidad, su majestad, su excelencia…), la mayúscula inicial es admisible -aunque no obligada- solo si el tratamiento no va seguido del nombre propio de la persona a la que se refiere: La recepción a Su Santidad será en el palacio arzobispal; pero si se acompaña del nombre propio, es obligada la minúscula: Esperamos la visita de su santidad Benedicto XVI.
Naturalmente, cuando la fórmula de tratamiento no funciona como tal, sino que forma parte de un nombre propio o de una expresión denominativa, se escribirá con la mayúscula requerida por este tipo de expresiones: Don Benito (localidad de Badajoz, España), Doña Bárbara (título de una novela del escritor venezolano Rómulo Gallegos).

2. El primero de los nombres latinos que designan especies de animales y plantas, se escribe con mayúscula inicial. Ejemplos: Pimpinella anisum. Los nombres científicos se escriben en cursiva, no así el artículo precedente, que debe escribirse con minúscula y en redonda: el Homo sapiens.

3. Los sustantivos y adjetivos que forman parte del nombre de determinadas áreas geopolíticas, que generalmente abarcan distintos países, pero que se conciben como áreas geopolíticas con características comunes: Occidente, Oriente Medio, Hispanoamérica, el Magreb, el Cono Sur, Europa del Este, Oriente Medio.

4. Los nombres propios de los accidentes geográficos, tanto naturales como artificiales, se escriben con mayúscula inicial, pero no los sustantivos comunes genéricos que los acompañan: el océano Pacífico, el mar Mediterráneo, la cordillera de los Andes, las cataratas del Iguazú. Sin embargo, hay nombres propios geográficos que incorporan un sustantivo genérico como parte inherente, caso en el que el genérico debe escribirse con mayúscula inicial: Sierra Morena, los Picos de Europa, las Montañas Rocosas, la Selva Negra, Playa Girón, etc.

5.  Los nombres propios de las regiones naturales o áreas bioclimáticas se escriben con mayúscula inicial, no así el artículo que los antecede: la Amazonia (o Amazonía), la Patagonia, el Gran Chaco, etc.

6. Se escribe con mayúscula inicial el nombre propio de las comarcas, esto es, los territorios que en un país o una región se identifican por determinadas características físicas o culturales: las Alpujarras, los Monegros. El artículo que antecede al nombre propio de una comarca se escribe con minúscula: el azafrán de la Mancha, salvo que forme parte del nombre propio de una división político-administrativa, como sucede en España con algunas comunidades autónomas: La Rioja.

7. En los nombres de barrios, distritos o urbanizaciones solo se escriben con mayúscula el término específico, no así el sustantivo genérico precedente: barrio de Lavapiés, urbanización Los Rosales. Estos sustantivos genéricos se escriben con mayúscula inicial únicamente si forman parte de una expresión que así lo exige, como ocurre con los nombres de asociaciones u organizaciones: Asociación de Vecinos del Barrio de las Letras.

Tomado de la Nueva Ortografía de la lengua española de la Real Academia Española