feb 15th, 2011. En: glosario. 
Capacidad de fijación de IgE de un alergeno o de un extracto alergénico, comúnmente determinado mediante un inmunoensayo de competencia empleando sueros de pacientes alérgicos. También, por pruebas in-vivo como la punción cutánea, mediante el uso de patrones como la histamina u otro alergeno de referencia. Se suele expresar en unidades específicas de cada fabricante
Pfiffner P, Truffer R, Matsson P, Rasi C, Mari A, Stadler BM. Allergen cross reactions: a problem greater tan ever?. Allergy 2010;66:1536-44. (Acceso a texto completo por HINARI).
En este artículo de investigación los autores intentan abordar el problema de la reactividad cruzada entre alergenos con un enfoque bioinformático de sistema. En un artículo previo (Stadler MB et al. Allergenicity prediction by protein sequence. FASEB J 2003;6:1141-3) los autores habían desarrollado un modelo de análisis de las secuencias de alergenos, definiendo un número limitado de “motivos” estructurales, que con grandes similitudes son compartidos por muchos alergenos. El modelo tendría la utilidad de reducir el enorme número de secuencias alergénicas (más de 2000) a menos de 100 motivos, además de intentar explicar y predecir mejor el fenómeno tan extendido de la reactividad cruzada entre alergenos. Este problema es de gran actualidad con el advenimiento cada vez mayor, de alimentos genéticamente modificados, y la necesidad de predecir mejor su eventual alergenicidad.
Según el criterio que promueve actualmente FAO/OMS, una proteína puede ser considerada potencialmente alergénica si comparte solo 6 aminoácidos contiguos o un 35% de similitud en un fragmento de 80 aminoácidos, con la secuencia de un alergeno conocido. Aplicando dicha regla, alrededor del 67% de las proteínas del conocido banco de secuencias SWISS-PROT pudieran ser consideradas alergénicas, mientras que en la realidad se conoce que el grupo de proteínas con evidencias claras de alergenicidad es mas bien reducido, en comparación con todas las proteínas conocidas. De acuerdo al enfoque ahora propuesto, basado en la identificación de los llamados “motivos” alergénicos, solo 2.6% de las proteínas serían probablemente alergénicas en ese banco de datos. El objetivo de la actual investigación fue evaluar este modelo teórico con datos reales de los diagnósticos de IgE específica con extractos alergénicos (ImmunoCAP, Phadia).
Con ese propósito, los autores comparan la probabilidad teórica de reactividad cruzada basada en la existencia de los motivos en cada uno de las proteínas conocidas, presentes en los extractos, con los datos de 5362 determinaciones de IgE específica realizadas fundamentalmente en EE.UU. y Europa occidental y del norte. Las determinaciones fueron realizadas con un panel de 99 fuentes alergénicas que incluyeron los alergenos más frecuentes, aunque la mayor parte de los sueros se probaron solo con 10-30 extractos. Cerca del 50% de las determinaciones fue positiva.
Como dato interesante, los autores encuentran que a medida que crece la IgE total, se incrementa el número de positividades a diferentes extractos, aunque la IgE específica promedio hacia cada uno de ellos se mantiene aproximadamente igual, o incluso decrece algo. Una acotación pertinente a este resultado colateral, sugiere la posible utilidad de la prueba de IgE total como predictor de polisensibilización, si bien no tanto de alergia clínica, algo no evaluado sistemáticamente aún.
Más adelante, sin embargo, los autores reportan que la suma de los valores de IgE específica solo explica 20-30% de los valores de IgE total, para la mayor parte de los sueros. Teniendo en cuenta, que se trata de los alergenos más comunes, los autores especulan sobre la especificad de la IgE restante, un misterio no explicado fehacientemente aún. Este déficit se agudiza cuando se analiza desde la perspectiva del modelo de los motivos estructurales. En ese sentido, la investigación arroja que dicho resultado estaría sobreevaluado dos o tres veces, pues una gran parte de la IgE específica se explicaría por la reactividad cruzada. O sea, unos pocos alergenos (y más aún los motivos presentes en los mismos) actuarían como verdaderos sensibilizadores, mientras que la reactividad IgE observada para otros sería solo debido a la reactividad cruzada.
Los autores identifican 69 motivos en los 99 extractos, algunos extractos con multitud de ellos (por ejemplo, Dermatophagoides pteronyssinus con 12), mientras que otros con solo uno o pocos; y arriban a la conclusión de que existe una dependencia lineal con alta correlación (0.967) entre el número de positividades a extractos y a motivos, aunque el número de estos es 3 veces menor como promedio. Esta relación lineal es un argumento a favor de la reactividad cruzada basada en la similitud de secuencias y estructuras (motivos compartidos) y no de la polisensibilización por exposición simultánea, que no explicaría dicha dependencia. No obstante, los resultados, aunque promisorios, requieren aún de mayor validación experimental, en particular, con estudios estructurales de los motivos propuestos a nivel molecular y de la investigación de aquellos alergenos, en los cuales, no se han identificado aún dichos motivos.
De ese modo, los resultados del trabajo apuntan a un posible mayor papel de la reactividad cruzada en la explicación de la IgE específica experimentalmente observada. Propone un enfoque de sistema con herramientas interesantes en contraste con el enfoque más reduccionista prevaleciente en este tema. Como implicación futura se abre la posibilidad, al menos teórica, de que un pequeño número de alergenos, preferiblemente recombinantes o aún de péptidos, pudieran cubrir la mayor parte de los motivos estructurales con poder sensibilizante, y de esa forma diagnosticar y predecir suficientemente las reacciones alérgicas a otros alergenos que contengan dichos motivos; aunque los autores admiten que aún no poseen todas las evidencias en ese sentido ni se hayan identificado todos los motivos posibles.
Por Alexis Labrada, DrC.
feb 16th, 2011. En: Revistas.
Pediatric Allergy and Clinical Immunology
Revista oficial de la European Academy of Allergy and Clinical Immunology (EAACI)
Accesible a texto completo por Hinari
feb 16th, 2011. En: Revistas.
Current Opinion in Allergy and Clinical Immunology
Revista de revisiones y artículos de opinión en temas de Alergia e Inmunología Clínica
RSS: http://journals.lww.com/co-allergy/_layouts/OAKS.Journals/feed.aspx?FeedType=FeaturedArticle&featuredArticleGroup=1
Accesible a texto completo por HINARI
Por Alexis Labrada, DrC.
El sitio web “Allergome“, cuyo nombre traducido al español sería “alergoma” (en analogía a genoma y proteoma) significaría el conjunto completo de alergenos que produce una célula u organismo. La base de datos, fundada en 2002, contiene ya más de 2000 alergenos identificados por su secuencia de ADN o péptídica, así como datos de alergenos naturales no caracterizados aún completamente y, en ese sentido, es mucho más abarcadora que la base datos oficial allergen.org del Comité Internacional de Nomenclatura de Alergenos de la IUIS. No obstante, los algoritmos de búsqueda permiten limitar la misma a los alergenos “oficiales” marcados correspondientemente, si así se desea.
Allergome es un sitio web de acceso libre y abierto a la colaboración con toda la comunidad científica. Además del inglés, idioma principal de la base de datos, la búsqueda puede realizarse también en español entre otros idiomas.
El sitio ofrece información con citas bibliográficas sobre cada una de las moléculas alergénicas incluidas. Además de las secuencias de las mismas, que incluyen los epítopes conocidos, se incluye también información sobre su actividad alergénica, importancia epidemiológica, detección ambiental y otros estudios clínicos. Los alergenos incluidos han sido identificado como causantes de enfermedades alérgicas o atópicas mediadas por IgE (anafilaxia, asma, dermatitis atópica, conjuntivitis, rinitis, urticaria) y los datos provienen de revistas científicas indexadas (partiendo de la década del 60) y otros recursos web. La base actual contiene más de 18 000 referencias a artículos y se actualiza constantemente.
Las moléculas alergénicas se incluyen en esta base de datos, independientemente de sus respectivas fuentes alergénicas (animales o plantas) y de sus tejidos de origen (epidermis, frutas, polen, semillas, esporas, venenos, cuerpo completo, orina, leche, etc.), o de sus rutas de ingreso o exposición (por contacto, ingestión, inhalación, inoculación, etc.). En la actualidad (2010) el número de alergenos incluidos alcanza 2052, de ellos 99% lo son en humanos, ya que se incluyen también moléculas que resultan alergénicas en otros mamíferos.
Se dedica una monografía a cada molécula alergénica (coloreadas de azul), la cual se divide en cuatro partes:
1. Una página de información general que contiene datos para la identificación del alergeno y su relación con otros alergenos en Allergome, entre ellos aparecen datos epidemiológicos y referencias bibliográficas sobre sus propiedades, origen, taxonomía y función biológica.
2. Página de secuencias parciales o totales y secuencias de epítopes. Se refieren 6798 secuencias, de ellas 31% son completas, incluyendo variantes e isoformas. También 682 estructuras tridimensionales.
3. La página de la forma “nativa” que contiene datos sobre su alergenicidad en su conformación natural.
4. Las páginas de las “formas recombinantes” que contiene datos sobre la alergenicidad de la proteína obtenida por medio de clonaje molecular e ingeniería genética. Estas páginas se nombran de acuerdo al vector de expresión empleado para producir la molécula recombinante. Se refieren algo más de 1000 proteínas recombinantes.
La base de datos no incluye compuestos de bajo peso molecular causantes de manifestaciones alérgicas no mediadas por IgE (por ejemplo, dermatitis por contacto, y alergia a medicamentos) ni moléculas asociadas a inmunopatologías no mediadas por IgE (por ej. enfermedad celíaca). También se excluyen otras sustancia causantes de las llamadas reacciones “pseudoalérgicas” o de intolerancia (por ej. intolerancia a alimentos).
En adición a los alergenos propiamente definidos (moléculas alergénicas), la base de datos contiene también fuentes alergénicas naturales, incluso cuando las mismas aún no tiene identificadas sus moléculas alergénicas. En particular, se refieren cerca de 3000 fuentes alergénicas, 65% de ellas, son alergénicas para los humanos. Una buena cantidad, 35% no tiene aún alergenos identificados propiamente. Éstas se distinguen en la base con el color rojo, mientras que las que contienen alergenos identificados muestran color verde.
Allergome se distingue también por ofrecer información en cada monografía sobre la disponibilidad de productos comerciales, extractos alergénicos, alergenos purificados, pruebas de IgE in-vitro, suministradores de materia prima alergénica, anticuerpos monoclonales y kits para determinación ambiental de alergenos o fuentes alergénicas.
Allergome está concebido para profesionales que trabajen en el campo de la alergia y la inmunología. Los datos que contiene, y lo más importante, la forma de presentarlos, concentrarlos y relacionarlos, son de gran utilidad para los investigadores en este campo, pero también para los alergólogos clínicos, ayudando a procesar la enorme cantidad de información generada en los últimos tiempos en este campo interdisciplinario. La información tiene una gran cantidad de enlaces a otros sitios web de libre acceso. Los usuarios tienen la posibilidad de inscribirse a un boletín electrónic: y mantenerse informados de las nuevas incorporaciones y cambios en el último mes.
Esta importante base de datos ha servido ya de plataforma tecnológica para proyectos de investigación y colaboración entre instituciones científicas, aplicando herramientas de bioinformática, e incorporando datos experimentales y clínicos. Sus datos están disponibles para su uso en cualquier trabajo de investigación
Referencias
Mari A, Rasi C, Palazzo P, Scala E. Allergen databases: current status and perspectives. Curr Allergy Asthma Rep 2009;9:376-83
Mari A, Scala E, Palazzo P, Ridolfi S, Zennaro D, Carabella G. Bioinformatics applied to allergy: Allergen databases, from collecting sequence information to data integration. The Allergome platform as a model.
Cell Immunol 2007;244:97-100
Mari A, Scala E. Allergome: a unifying platform. Arb Paul Ehrlich Inst Bundesamt Sera Impfstoffe Frankf A M. 2006;(95):29-39; discussion 39-40.
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