COVID-19: de la secuenciación rápida del genoma a decisiones oportunas

Ole Behrmanna y Martin Spiegel, académicos de la Facultad de Medicina de Brandeburgo “Theodor Fontane”, de Alemania, comentan para The Lancet Infectious Diseases sobre el artículo Rapid implementation of SARS-CoV-2 sequencing to investigate cases of health-care associated COVID-19: a prospective genomic surveillance study, recientemente publicado en esta revista.

Los autores de artículo presentan una combinación innovadora de secuenciación rápida del genoma completo del SARS-CoV-2 con datos epidemiológicos para rastrear las infecciones del SARS-CoV-2 asociadas con la atención médica en su hospital y en entornos comunitarios asociados a la atención médica.

En seis semanas, los autores pudieron obtener 747 genomas completos de SARS-CoV-2 a partir de mil 009 muestras de pacientes positivas a la PCR.

Semanalmente, las muestras secuenciadas se sometieron a análisis bioinformático y se combinaron con datos epidemiológicos. Aunque la diversidad genética del SARS-CoV-2 es actualmente baja, la combinación de datos genéticos, clínicos y epidemiológicos fue muy eficaz. Con este enfoque, los autores pudieron identificar dos grupos de infecciones en su hospital, uno en una unidad de diálisis ambulatoria y otro en un hogar de ancianos, que no se habrían detectado sin la secuenciación completa del genoma.

Los resultados se informaron a los equipos de gestión y control de infecciones y se utilizaron para mejorar el aislamiento de los paciente, los procedimientos de limpieza de las salas, el uso de equipo de protección personal y el comportamiento de distanciamiento físico del personal. Por lo tanto, la combinación de análisis genómicos y epidemiológicos rápidos casi en tiempo real permite la rápida optimización de las contramedidas en los brotes de COVID-19 en las salas y en la comunidad.

Este estudio muestra de manera convincente el poder de la secuenciación directa como una herramienta para rastrear la transmisión del SARS-CoV-2 en un período de tiempo muy corto, la cual también podría ser un modelo para rastrear otros patógenos virales.

Vea el artículo en: Ole Behrmann, Martin Spiegel. COVID-19: from rapid genome sequencing to fast decisions. The Lancet Infectious Diseases. Volume 20, Issue 11,
2020, Page 1218. ISSN 1473-3099