Los alérgenos o alergenos son sustancias antigénicas ambientales que al interaccionar con el sistema inmunitario de individuos predispuestos ocasionan en éstos la llamada respuesta alérgica, caracterizada por la aparición de anticuerpos IgE y células Th2 antígeno-específicas.  O sea, los alergenos son un subconjunto de los antígenos. Entonces, cualquier antígeno de tamaño suficiente para poseer al menos dos epítopes para linfocitos B (y por lo tanto, capaz de  disparar la degranulación de mastocitos y basófilos), pudiera ser potencialmente alergénico. De esa forma, el concepto de “alergeno” se basa en un criterio funcional, definido no tanto por las propiedades intrínsecas de la proteína, sino, más bien, por el sistema inmunitario del paciente.

Etimológicamente, “alérgeno” significa que causa o genera alergia. Mientras que la Academia de la Lengua Española prefiere la forma “alérgeno” (con tilde), en el medio académico predomina históricamente la pronunciación “alergeno” (sin tilde y acento en la segunda “e”), quizá por influencia del inglés “allergen”. Ambas formas ortográficas son aceptables.

El enfoque etiológico en el manejo de las enfermedades alérgicas se basa en la identificación de los alergenos causantes de la sensibilización.

Los alergenos son diversos desde el punto de vistas de sus propiedades biológicas y físicas. Suelen ser proteínas o glicoproteínas, preferentemente de mediano y bajo peso molecular (mayor de 5 KDa), solubles en agua (lo cual facilita su absorción e interacción con las mucosas) y de gran estabilidad ambiental (hace posible su acumulación en el ambiente y por lo tanto, altos niveles de exposición). Los aeroalergenos suelen formar partículas de pequeño tamaño (alrededor de 20 µm), fácilmente suspendibles en al aire y capaces de penetrar por nuestras vías respiratorias. Para los alimentarios es importante que cuente con determinada resistencia a la digestión gástrica.

Los alergenos se pueden clasificar en:

• Aeroalergenos (o respiratorios), por ejemplo: provenientes de ácaros del polvo doméstico, polen, hongos y epidermis de mascotas domésticas.
• Alergenos alimentarios
• De insectos: venenos de himenópteros, hormigas y saliva de mosquitos
• Otros (medicamentos, sustancias químicas, haptenos, alérgenos de contacto)

Se debe distinguir entre el término “alergeno” (que corresponde a una molécula dada) y la  “fuente alergénica” natural, la cual suele poseer múltiples alergenos, por ejemplo, el ácaro del polvo. En la actualidad se han identificado mediante técnicas de secuenciación de ADN o de proteínas, más de mil alergenos. El concepto de alergeno principal o “mayor” se emplea para designar aquellos alergenos con más del 50 % de frecuencia de reconocimiento por anticuerpos IgE, entre los pacientes positivos a la fuente alergénica de la cual proviene.

Los alergenos se denominan oficialmente con las tres primeras letras del género taxonómico, la primera de la especie, y un número otorgado cronológicamente, que también define los grupos transversales de alérgenos pertenecientes a diferentes especies taxonómicas con homología de secuencia o reactividad cruzada. Por ejemplo: Der p 1 (primer alergeno caracterizado del ácaro Dermatophagoides pteronyssinus).

Desde el punto de vista de sus propiedades biológicas intrínsecas (o sea, en la fuente alergénica) y estructuras, los alérgenos son heterogéneos; no obstante, determinadas funciones parecen estar asociadas en mayor grado a la alergenicidad, tales como: la hidrólisis de proteínas, polisacáridos y lípidos; la unión o transporte de metales y lípidos; funciones de almacenamiento y proteínas estructurales del citoesqueleto.

La reactividad cruzada entre diferentes alérgenos (incluso, en ocasiones, de géneros y familias taxonómicas distantes) es un fenómeno que se basa en la homología de secuencia y estructura. El conocimiento de las reactividades cruzadas es de gran importancia para el diagnóstico y manejo etiológico de las enfermedades alérgicas. Los llamados pan-alergenos son proteínas sumamente conservadas entre especies diferentes, por ejemplo, la tropomiosina, que sería responsable de la reactividad cruzada entre ácaros y crustáceos (como el camarón); o sea, incluso, entre alérgenos respiratorios y alimentarios.